分类目录归档:生物信息学

2017
04-26
GEPIA-癌症转录组表达整合分析网站 最近发现一个非常棒的癌症转录组表达数据整合分析的工具网站,文章尚未发表,已经被NAR接收。转录组的数据主要来源于TCGA的数据,分癌种,更重要的是对临床数据,特别是生存数据做了整合分析,可选项多,可以直接出图。整个网站的交互和流畅度也很棒。 界面整洁,可以.... Read More >
2017
04-24
张亚丽        在临床上经常会用到诊断试验的手段,用于疾病诊断、病人随访或疗效监测等。判断某一诊断试验的结果是否真实、可靠,是否具有实用性,从而确定合理的医疗决策。        一项诊断试验需要具备能正确的鉴别患病和未患病的能力,以反映患病实际情况的准确程度,这其中涉及到几个重要.... Read More >
2017
03-23
人参考基因组不同版本区别 CRCH37 vs b37 vs hg19 vs hsd537 vs GRCH38 余欢 如果使用基于GRCH37的衍生参考基因组版本,建议使用hs37d5,这几个版本的基因组的主要区别介绍如下: 1)GRCH37,b37,hs37d5(b37+decoy)与hg19、GRCH38(hg38)的来源: hg19来自UCSC,GRCH37来自NCBI,b37来自千人基.... Read More >
2017
03-15
R与Python中的Fisher exact test实现与异同 余欢      背景      我们在做病例对照研究中,经常会用到Fisher检验,目前文章中常用的都是R中的Fisher检验。一次偶然的经历,使用了python做Fisher检验,发现两种方法得到的结果并不一致,于是好奇研究一下到底是什么原因。      经过查询发现,这是由于两种语言中使用的F.... Read More >
2017
02-28
Konrad Karczewski近期释放了GnomAD数据,包含了13.8万个人,相比于EXAC,补充了WGS数据。相关信息见下文链接。除了使用数据库,该文提供了构建数据库的很多参数设置。 https://macarthurlab.org/2017/02/27/the-genome-.... Read More >
2017
01-31
TCGA癌种太多,不再逐一列出,有需要直接登录http://driverdb.tms.cmu.edu.tw/driverdbv2/cancer.php 这个系列停止。.... Read More >
2016
12-21
Identification of complex genomic rearrangements in cancers using CouGaR Abstract The genomic alterations associated with cancers are numerous and.... Read More >
2016
12-21
转载:崔杰  JackTalk 12月14日biorxiv发表了Alphabet (Google母公司) 旗下Verily生物的一个研究成果——DeepVariant,这是一种基于深度卷积神经网络的方法进行SNP和small indel检测算法,它的表现优于包括GATK在内的现有方法,而且不受.... Read More >
2016
12-14
Discovery and genotyping of structural variation from long-read haploid genome sequence data Abstract In an effort to more fully understand the full spectrum of human genetic variation, we generat.... Read More >
2016
12-14
novoBreak: local assembly for breakpoint detection in cancer genomes Abstract We present novoBreak, a genome-wide local assembly algorithm that di.... Read More >