分类目录归档:数据可视化

2017
04-26
GEPIA-癌症转录组表达整合分析网站 最近发现一个非常棒的癌症转录组表达数据整合分析的工具网站,文章尚未发表,已经被NAR接收。转录组的数据主要来源于TCGA的数据,分癌种,更重要的是对临床数据,特别是生存数据做了整合分析,可选项多,可以直接出图。整个网站的交互和流畅度也很棒。 界面整洁,可以.... Read More >
2016
03-14
HaploPainter,是一款简单易上手的家系图绘制软件,能通过直接新建,或者导入Ped,CSV格式的文件快速绘制家系图,链接:(https://sourceforge.net/projects/haplopainter/)。 比如通过直接新建家系,只需要打开软件,选择Edit->New .... Read More >
2016
03-14
非常棒的大数据可视化工具。提供了脚本,可以修改脚本直接生成数据! 网址:http://echarts.baidu.com/index.html.... Read More >
2016
03-14
很有趣的整合CIRCOS绘图工具,开拓了CIRCOS的使用思路,比如2个融合基因CIRCOS图。 网址:http://bioinfo.ibp.ac.cn/biocircos/gallery.php.... Read More >
2016
03-14
交互界面在生物里面属于一流,很棒。体验也很好,有了ANNOVAR的知名度,这个工具很有商业价值。注释的数据库更新很快,也很全。不知道注释速度如何。 可以实现自定义过滤,很棒。给出的过滤参数建议也很专业。简单的工具,不简单的网站。.... Read More >
2016
03-14
界面虽然丑,但是数据库非常全面,包括TCGA,ICGA,14年前的基因组文章的数据。非常详实的pancancer的数据库。并且分癌种做出了每个基因的somatic突变频谱,非常有价值的数据库。 .... Read More >
2016
02-18
10X genomics-创造力与细节并重的公司,带有完美主义倾向 以Illumina HiSeq测序仪为代表的二代测序技术是将基因组DNA打断成小片段再进行测序,通过生物信息学手段将读取的小片段序列进行组装,而对于已经具备参考基因组的物种,则直接与参考基因组比对检测变异信息。由于此项技术在测.... Read More >
2016
02-18
SV-融合基因的可视化展示形式-1 http://bioinfo.ibp.ac.cn/biocircos/gallery11.php SV-融合基因的可视化展示形式-2,适合crest及lumpy软件基于soft-clip reads http://www.10xgenomics.co.... Read More >
2015
12-21
前言:目前利用全基因组测序方法研究肿瘤的越来越普遍,在实际的应用过程中,有一点一直困惑笔者:如何检测高频somatic SV,这里的SV包括插入,缺失CNV,还包括倒位,易位等拷贝数中性SV。需要区分的是目前做高频CNV的方法比较成熟,可以直接使用GISTIC软件。直接以SV涉及的基因进行统计的文献.... Read More >
2015
01-17
RCircos: an R package for Circos 2D track plots http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3765848/pdf/1471-2105-14-244.pdf J-Circos: An Intera.... Read More >